martes, septiembre 04, 2007
Nuevo proyecto: Estudio de las partes del genoma desde la aparición del primer vertebrado hasta la formación del genoma humano.
La historia evolutiva de nuestra especie acapara la mayor parte de la atención de la sociedad en su conjunto.
Conocer nuestra historia, desde el origen mismo de nuestro linaje celular – el de los eucariotas – es en definitiva conocer la estructura y el orden de las variaciones que han generado nuestro genoma, así como de los mecanismos evolutivos y sus fundamentos.
Nuestro análisis se basará en la historia del linaje humano, pero las bases de nuestra aparición sobre la tierra no deben ser diferentes a las de cualquier otro animal multicelular actual. Por tanto, el estudio de la evolución del genoma de nuestra especie no sólo es importante por su trascendencia social, además, es un buen modelo evolutivo para comprender la evolución de los genomas. Es también el modelo más productivo posible, debido sobre todo a que la investigación acerca de la historia natural de nuestro linaje es mucho más completa que la de los animales (p.e. invertebrados respecto a vertebrados, o aves y reptiles respecto a mamíferos, etc). Mediante nuestros análisis intentaremos responder las contingencias y curiosidades de nuestra historia en la tierra, pero también contemplaremos los mecanismos evolutivos que la promocionan. Para estudiar estas modificaciones del genoma, generadoras de cambio y avance evolutivo, nos centraremos básicamente en la variación del contenido en dominios funcionales proteicos de cada genoma ancestral con sus siguientes, atendiendo también a las relaciones filogenómicas que podamos determinar entre ambos y la variación observada en cada uno.
Los genomas varían durante el intervalo que transcurre desde una especie a otra. Fundamentalmente, lo que más cambia entre los genomas es el orden y la cantidad de los elementos que lo forman, siendo general que la secuencia primaria del ADN se conserve mucho más que su orden o su estructura. Por lo tanto es viable plantearse la hipótesis de que la acumulación de variaciones o ciertas variaciones aisladas significativas, pueden desencadenar grandes cambios en los fenotipos resultantes durante el desarrollo embrionario.
En resumen, la replicación de la información heredada de nuestros ancestros, que tiene lugar durante la reproducción sexual – sus mecanismos – encierran el secreto de la variación en los animales. Después, la historia evolutiva sufre la selección de algunos individuos en contra de otros. Esta última fase es la que en último término dicta el camino o la dinámica de las diferentes poblaciones, hasta que ciertas variaciones de un mismo ser, llegan a convertirse en verdaderas características propias de una nueva especie.
El largo debate entre seleccionismo y neutralismo (y otras potencialidades o fuerzas o la falta de ellas) no tendrá un reflejo real en nuestro proyecto, ni existe ningún interés o motivación en este concepto. Defendemos nuestra independencia a tal debate puesto que, para nosotros, resulta evidente la poca diferencia entre selección o falta de selección, desde el punto de vista de la contingencia y la divergencia, las cuales se han demostrado necesarias y probablemente suficientes durante la evolución biológica. Esto es, desde el punto de vista semántico y biológico de lo que significa seleccionar, todo es sujeto a algún tipo de selección. Esta puede ser activa (adaptativa) o pasiva (por azar). Pero el resultado de ambas produce contingencia en la variación y por tanto, camino evolutivo. Personalmente defendemos la mayor importancia de la adaptación del organismo a su genoma y sus variaciones (una adaptación no genética si no al nivel de la ecología y la enología, pero tampoco neutral como veremos más abajo) y nos preocupamos menos de la adaptación del genoma a las experiencias del organismo (o selección clásica adaptativa y darviniana). Esto significa que, para nosotros, la selección natural tal y como Darwin la observó, puede explicar los cambios ligeros en el fenotipo pero difícilmente explica las grandes transiciones y conquistas dentro de los ecosistemas y entre ellos. Cada cambio inesperado en el fenotipo, sin embargo, abre un nuevo universo de posibilidades para la selección natural tipo darviniano, pero enseguida, esta selección quedará gobernada por un ecosistema estable donde cambios menores no podrán (al menos fácilmente o al azar) luchar contra la presión del equilibrio global. Solo una contingencia mayor difícilmente adaptativa puede abrir estos grandes espacios de exploración biológica, como han debido ser la aparición de una forma de vuelo en los saurios, o la movilidad sobre la tierra en los peces, por poner dos ejemplos clave. Aunque se puede imaginar más de una razón diferente para darle un sentido adaptativo a un pez que puede arrastrarse sobre la tierra, lo cierto es que esta ventaja no es comparable a mejoras dentro de su ecosistema natural (esto es el agua y la capacidad natatoria) ni tampoco puede considerarse un pequeño cambio ni de fenotipo, ni de genotipo, pues conlleva todo un salto en comportamiento y la morfología del animal, es decir, un cambio drástico de su sentido biológico (el paso del nadar mejor, al dejar de nadar para caminar).
Para terminar imaginemos el ejemplo siguiente: El paso de los peces del agua a la tierra firme. Se podría pensar en un paso de golpe, por una mutación compleja o significativa, y ya se cumplirían los requisitos del tipo de evolución que aquí defendemos. Lamentablemente para nuestros argumentos, también puede suceder y parece más coherente, que el cambio suceda de forma diferencial y no brusca. En tal caso, que parece el único posible, el pequeño cambio puede ser debido a la adaptación al ecosistema: peces que pueden pasar un rato fuera del agua se seleccionan debido a la presión de los depredadores que los persiguen. O puede que el cambio sea por simple coincidencia: Ante el aumento de un depredador, solo sobreviven los que curiosamente, tienen una conducta desviada que les hace salir del agua en ocasiones. Respecto a la posibilidad adaptativa, cabe preguntarse porque el depredador no se adapta a la adaptación y también pasa a caminar sobre la tierra y sigue persiguiendo a su presa. Pero si el cambio fue casual, es cierto esperar que la misma casualidad no acontecerá dos veces, y nuestro pez estará salvado y podrá vivir tranquilo. Existe aquí pues un ejemplo por el que rechazamos el debate selecionista-neutralista. Realmente, es indiferente a la evolución que tipo de selección exista y es solo la mente humana la que la dota de sentido o se lo quita, para adaptarlo a las necesidades del argumento seleccionista o neutralista. Bien sea así o no, el caso es que un pez ahora se arrastra entre la tierra firme y las aguas poco profundas cercanas y que nosotros no buscamos hablar de selección o azar completo, si no de cambio “sorprendente” en contra de “lento y predecible”. Este cambio de conducta o capacidad del pez, que ahora puede salir a la tierra firme, aunque fuera ligero y de tipo darviniano clásico (a nivel genómico y morfológico) indudablemente genera todo un nuevo universo de posibilidades para ese linaje. Los cambios subsiguientes estarán sujetos a una selección ni neutral ni natural, simplemente contingente y enlazada, y por tanto con significado y dirección, aunque sin sentido, dado que el nuevo pez se encuentra en un entorno nuevo, donde muchos cambios imposibles, ahora pueden serlo. Los cambios subsiguientes a la apertura de tal espacio de exploración evolutiva nuevo, se puede defender que ocurrirán a una velocidad mucho mayor (e incluso acelerada) por la ausencia de presión en el ecosistema, respecto a la evolución bajo la presión del mismo: Es difícil salir del equilibrio del ecosistema mediante cambios evolutivos, pero si se sale, las posibilidades de cambio se disparan y pasan a ser posibles. Esto se ha demostrado ampliamente a nivel vertical, durante la historia natural, tras las grandes extinciones de los saurios, y también durante las grandes innovaciones: La célula eucariota y la explosión del Cámbrico. Pero también ha sido demostrado a nivel horizontal a tiempo constante (o muy corto) en las invasiones de ecosistemas por especies exógenas. El resultado siempre es de este tipo: El equilibrio del ecosistema se rompe, y este, junto con las especies que lo forman, cambia rápidamente e incluso, se regenera (generalmente con una nueva forma y diferentes partes, pero con relaciones similares entre sus partes, su nicho y su geografía). Por lo tanto y para terminar, en el caso de que la estructura de la variación fuera lenta y diferencial, como parece ser, es necesario aceptar que las contingencias más extrañas (un pez fuera del agua) son las que realmente marcan las grandes transiciones, mientras que las normales desde el punto de vista del ecosistema (un pez que nada mejor) no lo hacen. Aunque quisiéramos creer en un modelo mediante el cual el pez sale del agua poco a poco a lo largo de cientos de millones de años, lo cierto es que no puede ser así, pues sabemos que al salir de su ecosistema (o de las reglas del juego) este podrá variar con libertad en un espacio donde no es esperado, o que directamente se encuentra vacío. En algún momento, sucede que el pez sale del agua, sea para mucho o para poco rato, lo que ya es un cambio de conducta importante. Por tanto la aceleración de su evolución si bien seguirá siendo de tipo diferencial a partir de este punto (evolución mediante microcambios) se acelerará e incluso se puede entender como un salto evolutivo en toda regla (es decir, la regla de medida anterior, donde el cambio por unidad de tiempo era otro mucho menor). Sin duda, entre cada individuo y sus progenitores el cambio sería diferencial. Pero para una unidad de tiempo, existiría un salto. Esta observación es precisamente consistente con todas las evidencias geológicas de las que disponemos. A su vez, y en homenaje a Charles Darwin, no es tampoco un modelo evolutivo que afecte profundamente a la estructura de su gran idea evolutiva, si no que intenta completar su único y reconocido talón de Aquiles: La existencia de suficientes formas intermedias en el registro fósil (no las hay porque sucedieron más rápido de lo que la probabilidad de formación de un fósil requiere) y como encaja esto con la selección natural. Proponemos que las grandes transiciones evolutivas no se deben a la selección natural maltusiana que inspiro a Darwin, pero si que esta es responsable de recuperar y gobernar un equilibrio ecológico. También proponemos que tal selección es natural, pero no maltusiana, ya que los organismos que adquieren una característica tan novedosa, saltan fuera el juego general de la competencia (el equilibrio del ecosistema) y consiguen un aumento en su probabilidad de reproducción y supervivencia por otras razones diferentes a la competición por los recursos estricta (simplemente no compiten). Inspirado por las ideas de su época, Darwin imaginó un mecanismo ideal en el que los organismos nunca dejan de competir. Lo cierto es que la competición justa en igualdad de posibilidades (variación) solo puede llevar a equilibrios, y por tanto al éxtasis evolutivo (Gould et al). Quizá ahora yo inspirado por mi momento, soy capaz de ver como a veces, oportunistas y afortunados, rompen las reglas del juego y dejan de necesitar competir, recreandose, nunca mejor dicho, en su fortuna, y marcando la forma futura que tendrá el mundo a su alrededor (un par de ejemplos de este tipo sería la invasión de la tierra por las plantas o la creación de la atmósfera por las bacterias marinas).
Por lo tanto, la selección natural explica casos que no pueden constituir grandes saltos evolutivos, y que suceden siempre alrededor del equilibrio de las partes de un ecosistema (microorganismos, tejidos, plantas, animales, poblaciones, etc) a tal que el ecosistema no varia en su esencia ni se ve afectado por los cambios internos que sufre, de ahí la idea de que permanece en equilibrio. La evolución neutral tan aclamada no es más que la idealización de algo mucho más sencillo y evidente aún, esto es, que se trata de la variación de fondo (aquello que cambia alrededor del equilibrio constantemente, sin posibilidad de éxtasis). Y finalmente, la novedad evolutiva viene marcada por la historia pasada de la especie y de los posibles saltos fuera del equilibrio a cualquier nivel tal que se vea afectado éste. Ya podemos imaginar también otros niveles: la propia célula o cualquiera de las partes de un organismo, también dentro de la propia célula y no solo de los ecosistemas macroscópicos, como se ha propuesto, el equilibrio de la vida podría mantener unida a nivel lógico la biomasa de la tierra al completo (Gaia).
Las variaciones biológicas son observables también en el genoma (duplicaciones, delecciones, translocaciones, repeticiones, etc) como lo son en el fenotipo (características morfológicas y funcionales de un organismo) y a otros niveles intermedios (interacciones moleculares, intra e inter-celulares, etc) estos últimos mucho menos evidentes pero claves para dotar de significado funcional a la información almacenada en el genoma.
El estudio de los genomas en un su contexto evolutivo y a lo largo de la evolución es fundamental para el avance la biología, ya que desconocemos si todas las fuentes de variación presentadas anteriormente son el conjunto total de la variabilidad, pero también – y esto resulta fundamental y necesario – desconocemos el camino que va desde la variación (o novedad) en el genoma hasta el fenotipo sujeto de la selección. Solo comprendiendo estos fenómenos podremos tener verdaderamente una imagen completa y científica de los mecanismos biológicos, hoy por hoy, impregnados de un oscurantismo y esoterismo filosófico impropio del resto de ciencias, como las matemáticas, la teoría de la información, la física o la química, todas ellas fundamentales para nosotros, los biólogos. La mayor parte del oscurantismo que sufre la biología se debe a su inherente complejidad como ciencia en comparación con otras, pero también (o quizá por lo mismo) por el hecho de que la biología es todo lo anterior (pura ciencia) pero también historia y lenguaje, significado y código. Y he ahí el gran problema de la biología: Si el problema del hombre al intentar comprender al Universo es que él es parte del Universo, y por tanto lo ve desde dentro, el problema del hombre al intentar comprender la biología es que intenta comprenderse a si mismo. La reflexión (gran dificultad filosófica a la hora de no caer en la metafísica) es en este caso, máxima. Atendiendo a la filosofía de la ciencia moderna, la biología es la Ciencia Máxima. La ciencia total.
Durante nuestro proyecto utilizaremos el linaje mejor estudiado durante la historia de la biología, el linaje humano, de manera que podamos relacionar las grandes transiciones biológicas que han sido ya estudiadas, con el aumento en el contenido de los elementos proteicos funcionales presentes en los genomas de los vertebrados ancestrales, que van desde el primer vertebrado hasta el genoma humano.
Conocer nuestra historia, desde el origen mismo de nuestro linaje celular – el de los eucariotas – es en definitiva conocer la estructura y el orden de las variaciones que han generado nuestro genoma, así como de los mecanismos evolutivos y sus fundamentos.
Nuestro análisis se basará en la historia del linaje humano, pero las bases de nuestra aparición sobre la tierra no deben ser diferentes a las de cualquier otro animal multicelular actual. Por tanto, el estudio de la evolución del genoma de nuestra especie no sólo es importante por su trascendencia social, además, es un buen modelo evolutivo para comprender la evolución de los genomas. Es también el modelo más productivo posible, debido sobre todo a que la investigación acerca de la historia natural de nuestro linaje es mucho más completa que la de los animales (p.e. invertebrados respecto a vertebrados, o aves y reptiles respecto a mamíferos, etc). Mediante nuestros análisis intentaremos responder las contingencias y curiosidades de nuestra historia en la tierra, pero también contemplaremos los mecanismos evolutivos que la promocionan. Para estudiar estas modificaciones del genoma, generadoras de cambio y avance evolutivo, nos centraremos básicamente en la variación del contenido en dominios funcionales proteicos de cada genoma ancestral con sus siguientes, atendiendo también a las relaciones filogenómicas que podamos determinar entre ambos y la variación observada en cada uno.
Los genomas varían durante el intervalo que transcurre desde una especie a otra. Fundamentalmente, lo que más cambia entre los genomas es el orden y la cantidad de los elementos que lo forman, siendo general que la secuencia primaria del ADN se conserve mucho más que su orden o su estructura. Por lo tanto es viable plantearse la hipótesis de que la acumulación de variaciones o ciertas variaciones aisladas significativas, pueden desencadenar grandes cambios en los fenotipos resultantes durante el desarrollo embrionario.
En resumen, la replicación de la información heredada de nuestros ancestros, que tiene lugar durante la reproducción sexual – sus mecanismos – encierran el secreto de la variación en los animales. Después, la historia evolutiva sufre la selección de algunos individuos en contra de otros. Esta última fase es la que en último término dicta el camino o la dinámica de las diferentes poblaciones, hasta que ciertas variaciones de un mismo ser, llegan a convertirse en verdaderas características propias de una nueva especie.
El largo debate entre seleccionismo y neutralismo (y otras potencialidades o fuerzas o la falta de ellas) no tendrá un reflejo real en nuestro proyecto, ni existe ningún interés o motivación en este concepto. Defendemos nuestra independencia a tal debate puesto que, para nosotros, resulta evidente la poca diferencia entre selección o falta de selección, desde el punto de vista de la contingencia y la divergencia, las cuales se han demostrado necesarias y probablemente suficientes durante la evolución biológica. Esto es, desde el punto de vista semántico y biológico de lo que significa seleccionar, todo es sujeto a algún tipo de selección. Esta puede ser activa (adaptativa) o pasiva (por azar). Pero el resultado de ambas produce contingencia en la variación y por tanto, camino evolutivo. Personalmente defendemos la mayor importancia de la adaptación del organismo a su genoma y sus variaciones (una adaptación no genética si no al nivel de la ecología y la enología, pero tampoco neutral como veremos más abajo) y nos preocupamos menos de la adaptación del genoma a las experiencias del organismo (o selección clásica adaptativa y darviniana). Esto significa que, para nosotros, la selección natural tal y como Darwin la observó, puede explicar los cambios ligeros en el fenotipo pero difícilmente explica las grandes transiciones y conquistas dentro de los ecosistemas y entre ellos. Cada cambio inesperado en el fenotipo, sin embargo, abre un nuevo universo de posibilidades para la selección natural tipo darviniano, pero enseguida, esta selección quedará gobernada por un ecosistema estable donde cambios menores no podrán (al menos fácilmente o al azar) luchar contra la presión del equilibrio global. Solo una contingencia mayor difícilmente adaptativa puede abrir estos grandes espacios de exploración biológica, como han debido ser la aparición de una forma de vuelo en los saurios, o la movilidad sobre la tierra en los peces, por poner dos ejemplos clave. Aunque se puede imaginar más de una razón diferente para darle un sentido adaptativo a un pez que puede arrastrarse sobre la tierra, lo cierto es que esta ventaja no es comparable a mejoras dentro de su ecosistema natural (esto es el agua y la capacidad natatoria) ni tampoco puede considerarse un pequeño cambio ni de fenotipo, ni de genotipo, pues conlleva todo un salto en comportamiento y la morfología del animal, es decir, un cambio drástico de su sentido biológico (el paso del nadar mejor, al dejar de nadar para caminar).
Para terminar imaginemos el ejemplo siguiente: El paso de los peces del agua a la tierra firme. Se podría pensar en un paso de golpe, por una mutación compleja o significativa, y ya se cumplirían los requisitos del tipo de evolución que aquí defendemos. Lamentablemente para nuestros argumentos, también puede suceder y parece más coherente, que el cambio suceda de forma diferencial y no brusca. En tal caso, que parece el único posible, el pequeño cambio puede ser debido a la adaptación al ecosistema: peces que pueden pasar un rato fuera del agua se seleccionan debido a la presión de los depredadores que los persiguen. O puede que el cambio sea por simple coincidencia: Ante el aumento de un depredador, solo sobreviven los que curiosamente, tienen una conducta desviada que les hace salir del agua en ocasiones. Respecto a la posibilidad adaptativa, cabe preguntarse porque el depredador no se adapta a la adaptación y también pasa a caminar sobre la tierra y sigue persiguiendo a su presa. Pero si el cambio fue casual, es cierto esperar que la misma casualidad no acontecerá dos veces, y nuestro pez estará salvado y podrá vivir tranquilo. Existe aquí pues un ejemplo por el que rechazamos el debate selecionista-neutralista. Realmente, es indiferente a la evolución que tipo de selección exista y es solo la mente humana la que la dota de sentido o se lo quita, para adaptarlo a las necesidades del argumento seleccionista o neutralista. Bien sea así o no, el caso es que un pez ahora se arrastra entre la tierra firme y las aguas poco profundas cercanas y que nosotros no buscamos hablar de selección o azar completo, si no de cambio “sorprendente” en contra de “lento y predecible”. Este cambio de conducta o capacidad del pez, que ahora puede salir a la tierra firme, aunque fuera ligero y de tipo darviniano clásico (a nivel genómico y morfológico) indudablemente genera todo un nuevo universo de posibilidades para ese linaje. Los cambios subsiguientes estarán sujetos a una selección ni neutral ni natural, simplemente contingente y enlazada, y por tanto con significado y dirección, aunque sin sentido, dado que el nuevo pez se encuentra en un entorno nuevo, donde muchos cambios imposibles, ahora pueden serlo. Los cambios subsiguientes a la apertura de tal espacio de exploración evolutiva nuevo, se puede defender que ocurrirán a una velocidad mucho mayor (e incluso acelerada) por la ausencia de presión en el ecosistema, respecto a la evolución bajo la presión del mismo: Es difícil salir del equilibrio del ecosistema mediante cambios evolutivos, pero si se sale, las posibilidades de cambio se disparan y pasan a ser posibles. Esto se ha demostrado ampliamente a nivel vertical, durante la historia natural, tras las grandes extinciones de los saurios, y también durante las grandes innovaciones: La célula eucariota y la explosión del Cámbrico. Pero también ha sido demostrado a nivel horizontal a tiempo constante (o muy corto) en las invasiones de ecosistemas por especies exógenas. El resultado siempre es de este tipo: El equilibrio del ecosistema se rompe, y este, junto con las especies que lo forman, cambia rápidamente e incluso, se regenera (generalmente con una nueva forma y diferentes partes, pero con relaciones similares entre sus partes, su nicho y su geografía). Por lo tanto y para terminar, en el caso de que la estructura de la variación fuera lenta y diferencial, como parece ser, es necesario aceptar que las contingencias más extrañas (un pez fuera del agua) son las que realmente marcan las grandes transiciones, mientras que las normales desde el punto de vista del ecosistema (un pez que nada mejor) no lo hacen. Aunque quisiéramos creer en un modelo mediante el cual el pez sale del agua poco a poco a lo largo de cientos de millones de años, lo cierto es que no puede ser así, pues sabemos que al salir de su ecosistema (o de las reglas del juego) este podrá variar con libertad en un espacio donde no es esperado, o que directamente se encuentra vacío. En algún momento, sucede que el pez sale del agua, sea para mucho o para poco rato, lo que ya es un cambio de conducta importante. Por tanto la aceleración de su evolución si bien seguirá siendo de tipo diferencial a partir de este punto (evolución mediante microcambios) se acelerará e incluso se puede entender como un salto evolutivo en toda regla (es decir, la regla de medida anterior, donde el cambio por unidad de tiempo era otro mucho menor). Sin duda, entre cada individuo y sus progenitores el cambio sería diferencial. Pero para una unidad de tiempo, existiría un salto. Esta observación es precisamente consistente con todas las evidencias geológicas de las que disponemos. A su vez, y en homenaje a Charles Darwin, no es tampoco un modelo evolutivo que afecte profundamente a la estructura de su gran idea evolutiva, si no que intenta completar su único y reconocido talón de Aquiles: La existencia de suficientes formas intermedias en el registro fósil (no las hay porque sucedieron más rápido de lo que la probabilidad de formación de un fósil requiere) y como encaja esto con la selección natural. Proponemos que las grandes transiciones evolutivas no se deben a la selección natural maltusiana que inspiro a Darwin, pero si que esta es responsable de recuperar y gobernar un equilibrio ecológico. También proponemos que tal selección es natural, pero no maltusiana, ya que los organismos que adquieren una característica tan novedosa, saltan fuera el juego general de la competencia (el equilibrio del ecosistema) y consiguen un aumento en su probabilidad de reproducción y supervivencia por otras razones diferentes a la competición por los recursos estricta (simplemente no compiten). Inspirado por las ideas de su época, Darwin imaginó un mecanismo ideal en el que los organismos nunca dejan de competir. Lo cierto es que la competición justa en igualdad de posibilidades (variación) solo puede llevar a equilibrios, y por tanto al éxtasis evolutivo (Gould et al). Quizá ahora yo inspirado por mi momento, soy capaz de ver como a veces, oportunistas y afortunados, rompen las reglas del juego y dejan de necesitar competir, recreandose, nunca mejor dicho, en su fortuna, y marcando la forma futura que tendrá el mundo a su alrededor (un par de ejemplos de este tipo sería la invasión de la tierra por las plantas o la creación de la atmósfera por las bacterias marinas).
Por lo tanto, la selección natural explica casos que no pueden constituir grandes saltos evolutivos, y que suceden siempre alrededor del equilibrio de las partes de un ecosistema (microorganismos, tejidos, plantas, animales, poblaciones, etc) a tal que el ecosistema no varia en su esencia ni se ve afectado por los cambios internos que sufre, de ahí la idea de que permanece en equilibrio. La evolución neutral tan aclamada no es más que la idealización de algo mucho más sencillo y evidente aún, esto es, que se trata de la variación de fondo (aquello que cambia alrededor del equilibrio constantemente, sin posibilidad de éxtasis). Y finalmente, la novedad evolutiva viene marcada por la historia pasada de la especie y de los posibles saltos fuera del equilibrio a cualquier nivel tal que se vea afectado éste. Ya podemos imaginar también otros niveles: la propia célula o cualquiera de las partes de un organismo, también dentro de la propia célula y no solo de los ecosistemas macroscópicos, como se ha propuesto, el equilibrio de la vida podría mantener unida a nivel lógico la biomasa de la tierra al completo (Gaia).
Las variaciones biológicas son observables también en el genoma (duplicaciones, delecciones, translocaciones, repeticiones, etc) como lo son en el fenotipo (características morfológicas y funcionales de un organismo) y a otros niveles intermedios (interacciones moleculares, intra e inter-celulares, etc) estos últimos mucho menos evidentes pero claves para dotar de significado funcional a la información almacenada en el genoma.
El estudio de los genomas en un su contexto evolutivo y a lo largo de la evolución es fundamental para el avance la biología, ya que desconocemos si todas las fuentes de variación presentadas anteriormente son el conjunto total de la variabilidad, pero también – y esto resulta fundamental y necesario – desconocemos el camino que va desde la variación (o novedad) en el genoma hasta el fenotipo sujeto de la selección. Solo comprendiendo estos fenómenos podremos tener verdaderamente una imagen completa y científica de los mecanismos biológicos, hoy por hoy, impregnados de un oscurantismo y esoterismo filosófico impropio del resto de ciencias, como las matemáticas, la teoría de la información, la física o la química, todas ellas fundamentales para nosotros, los biólogos. La mayor parte del oscurantismo que sufre la biología se debe a su inherente complejidad como ciencia en comparación con otras, pero también (o quizá por lo mismo) por el hecho de que la biología es todo lo anterior (pura ciencia) pero también historia y lenguaje, significado y código. Y he ahí el gran problema de la biología: Si el problema del hombre al intentar comprender al Universo es que él es parte del Universo, y por tanto lo ve desde dentro, el problema del hombre al intentar comprender la biología es que intenta comprenderse a si mismo. La reflexión (gran dificultad filosófica a la hora de no caer en la metafísica) es en este caso, máxima. Atendiendo a la filosofía de la ciencia moderna, la biología es la Ciencia Máxima. La ciencia total.
Durante nuestro proyecto utilizaremos el linaje mejor estudiado durante la historia de la biología, el linaje humano, de manera que podamos relacionar las grandes transiciones biológicas que han sido ya estudiadas, con el aumento en el contenido de los elementos proteicos funcionales presentes en los genomas de los vertebrados ancestrales, que van desde el primer vertebrado hasta el genoma humano.
